Fmoc-3-amino-4-methylbenzoic acid ใช้หลักในการสังเคราะห์เปปไทด์ในฐานะบล็อกก่อสร้าง กลุ่ม Fmoc (fluorenylmethyloxycarbonyl) ทำหน้าที่เป็นกลุ่มป้องกันสำหรับหมู่อะมิโนในระหว่างกระบวนการสังเคราะห์ เพื่อให้แน่ใจว่าหมู่อะมิโนยังคงอยู่ครบถ้วนในขณะที่ปฏิกิริยาอื่นๆ ดำเนินไป สารนี้มีคุณค่าอย่างยิ่งใน solid-phase peptide synthesis (SPPS) ซึ่งช่วยในการประกอบเปปไทด์แบบทีละขั้นตอน โครงสร้างของมันช่วยให้สามารถนำเอาส่วนอะโรมาติกและแทนที่ด้วยเมทิลเฉพาะเจาะจงเข้าไปในโซ่เปปไทด์ ซึ่งอาจสำคัญสำหรับการออกแบบเปปไทด์ที่มีกิจกรรมทางชีวภาพหรือคุณสมบัติโครงสร้างเฉพาะ นอกจากนี้ยังใช้ในการพัฒนา peptidomimetics และยาโมเลกุลขนาดเล็ก โดยคุณสมบัติทางเคมีที่เป็นเอกลักษณ์สามารถเพิ่มความสามารถในการจับเฉพาะหรือปรับเปลี่ยนเภสัชจลนศาสตร์