Fmoc-L-2-thienylalanine ถูกใช้ในการสังเคราะห์เปปไทด์ โดยเฉพาะการสังเคราะห์เปปไทด์แบบเฟสตายในของแข็ง (SPPS) เพื่อเป็นชิ้นส่วนพื้นฐานในการรวมโครงสร้าง thienylalanine (2-ไทอีนิลอะลานีน) เข้าสู่เปปไทด์ มีคุณค่าต่อการพัฒนายา 기반เปปไทด์ สารชีววัสดุ และเครื่องมือวิจัย เนื่องจากโซ่ข้างไทโอฟีนที่เป็นเอกลักษณ์ ซึ่งสามารถส่งผลต่อความเสถียร การกำหนดรูปร่าง และปฏิสัมพันธ์ของเปปไทด์ กลุ่ม Fmoc ให้การป้องกันกลุ่มอะมิโนระหว่างการสังเคราะห์ เพื่อให้เกิดปฏิกิริยาที่เลือกสรร สารประกอบนี้ยังถูกนำมาใช้ในการศึกษาการพับตัวของโปรตีน กิจกรรมของเอนไซม์ และปฏิสัมพันธ์ระหว่างตัวรับกับลิแกนด์ ทำให้เป็นเครื่องมือที่หลากหลายในชีวเคมีและเคมีศาสตร์ทางการแพทย์