Boc-Cys(Npys)-OH ใช้หลักๆ ในการสังเคราะห์เปปไทด์ โดยสารประกอบนี้ทำหน้าที่เป็นกลุ่มป้องกันสำหรับสารตกค้างซิสเทอีน (cysteine residues) เพื่อให้มั่นใจในการเกิดปฏิกิริยาที่เลือกสรรระหว่างการก่อตัวของพันธะเปปไทด์ (peptide bonds) มันมีคุณค่าอย่างยิ่งในการเตรียมสะพานไดซัลไฟด์ (disulfide bridges) ซึ่งเป็นคุณสมบัติที่สำคัญในโครงสร้างของโปรตีนหลายชนิด กลุ่ม Npys (3-nitro-2-pyridinesulfenyl) ช่วยให้เกิดปฏิกิริยาแลกเปลี่ยน thiol-disulfide ได้อย่างมีประสิทธิภาพ ทำให้สามารถควบคุมการก่อตัวของสะพานเหล่านี้ได้ นี่ทำให้มันเป็นสารเคมีหลักในการพัฒนาเปปไทด์ที่มีกิจกรรมทางชีวภาพเฉพาะ เช่น ฮอร์โมน เอนไซม์ และตัวแทนบำบัด (therapeutic agents) นอกจากนี้ ยังถูกนำมาใช้ในการศึกษาการพับตัวของโปรตีน (protein folding) และการทำให้ยาที่มีฐานเปปไทด์คงตัว (stabilization of peptide-based drugs) การประยุกต์ใช้ของมันมีความสำคัญทั้งในสถานที่วิจัยและอุตสาหกรรมสำหรับการสร้างโครงสร้างเปปไทด์ที่ซับซ้อนด้วยความแม่นยำสูง