Dde-Dap(Fmoc)-OH ใช้ในการสังเคราะห์เปปไทด์โดยเฉพาะในกระบวนการ solid-phase peptide synthesis (SPPS) โดยกลุ่ม Dde ทำหน้าที่เป็นกลุ่มป้องกันที่สามารถกำจัดออกได้อย่างเลือกเฉพาะด้วยสารไฮดราซีน ในขณะที่กลุ่ม Fmoc ทำหน้าที่เป็นกลุ่มป้องกันสำหรับหมู่อะมิโนที่สามารถกำจัดออกได้ด้วยเบส เช่น ไพเพอร์ริดีน การใช้สารนี้ช่วยให้สามารถควบคุมการสังเคราะห์เปปไทด์ที่มีโครงสร้างซับซ้อนได้อย่างมีประสิทธิภาพ โดยเฉพาะในกรณีที่ต้องการการป้องกันและการกำจัดกลุ่มเฉพาะที่ในขั้นตอนต่าง ๆ ของการสังเคราะห์