S-(4-Methoxybenzyl)-L-cysteine ถูกนำมาใช้หลักๆ ในงานวิจัยทางชีวเคมีและการพัฒนายาเภสัชกรรม โดยทำหน้าที่เป็นสารกลางสำคัญในการสังเคราะห์โมเลกุลที่ซับซ้อนมากขึ้น โดยเฉพาะอย่างยิ่งในการผลิตยาที่มีพื้นฐานจากเปปไทด์ โครงสร้างของมัน ซึ่งรวมถึงส่วนของซิสเตอีน ทำให้มีคุณค่าต่อการสร้างพันธะไดซัลไฟด์ในเปปไทด์ ซึ่งช่วยเพิ่มความเสถียรและกิจกรรมทางชีวภาพ นอกจากนี้ ยังถูกใช้ในการศึกษาที่เกี่ยวข้องกับการยับยั้งเอนไซม์และการดัดแปลงโปรตีน ซึ่งคุณสมบัติที่เป็นเอกลักษณ์ช่วยในการทำความเข้าใจเส้นทางชีวเคมีและการออกแบบการบำบัดแบบกำหนดเป้าหมาย การประยุกต์ใช้ยังพบในการพัฒนาโปรดรัก ซึ่งช่วยปรับปรุงการส่งยาและประสิทธิภาพ