สารเคมีนี้ใช้หลักในการสังเคราะห์เปปไทด์ โดยเฉพาะในกระบวนการสังเคราะห์เปปไทด์แบบเฟสของแข็ง (solid-phase peptide synthesis: SPPS) มันทำหน้าที่เป็นรูปแบบที่ได้รับการป้องกันของ cysteine โดยกลุ่ม S-((9H-fluoren-9-yl)methyl) ทำหน้าที่เป็นกลุ่มป้องกันสำหรับโซ่ข้าง thiol และกลุ่ม N-((allyloxy)carbonyl) ป้องกันกลุ่มอะมิโน การป้องกันแบบคู่สองชั้นนี้ช่วยให้สามารถยกเลิกการป้องกันแบบเลือกสรรได้ในระหว่างกระบวนการสังเคราะห์ ซึ่งช่วยให้สามารถสร้างเปปไทด์ที่ซับซ้อนได้อย่างแม่นยำ สารนี้มีคุณค่าอย่างยิ่งในการสังเคราะห์เปปไทด์ที่มีสารตกค้าง cysteine ซึ่งมีความสำคัญต่อการก่อตัวพันธะ disulfide ที่ช่วยเสริมความมั่นคงทางโครงสร้างและการทำงานของเปปไทด์และโปรตีนที่กระตุ้นทางชีววิทยาหลายชนิด การใช้งานช่วยให้ได้ประสิทธิภาพและความบริสุทธิ์สูงในการผลิตเปปไทด์ ทำให้เป็นสารตั้งต้นสำคัญในงานวิจัยทางชีวเคมีและการพัฒนายา