L-Alanine Isopropyl Ester Hydrochloride ถูกนำไปใช้หลักในด้านการสังเคราะห์อินทรีย์ โดยทำหน้าที่เป็นหน่วยย่อยก่อสร้างที่มีคุณค่าในการเตรียมเปปไทด์และอนุพันธ์กรดอะมิโนต่างๆ หน้าที่ของส่วนเอสเตอร์ทำให้มีประโยชน์อย่างยิ่งในการทำปฏิกิริยาคัปปลิ้งเปปไทด์ ซึ่งช่วยให้เกิดพันธะอะไมด์ด้วยประสิทธิภาพสูง สารประกอบนี้มักถูกนำไปใช้ในอุตสาหกรรมเภสัชกรรมสำหรับการสังเคราะห์สารกลางยา โดยเฉพาะสารที่มุ่งเป้าไปยังการบำบัดโรค เช่น ความผิดปกติทางเมแทบอลิซึมและภาวะทางระบบประสาท นอกจากนี้ ยังมีการประยุกต์ใช้ในงานวิจัยชีเคมีเพื่อศึกษากลไกของเอนไซม์และปฏิกิริยาระหว่างโปรตีน เนื่องจากโครงสร้างที่คล้ายคลึงกับกรดอะมิโนที่เกิดขึ้นตามธรรมชาติ รูปแบบเกลือไฮโดรคลอไรด์ช่วยเพิ่มความละลายในสารละลายน้ำ ทำให้ง่ายต่อการใช้งานในสถานการณ์ทดลองที่หลากหลาย