สารเคมีนี้มีการใช้งานหลักในกระบวนการสังเคราะห์เปปไทด์ โดยเฉพาะใน solid-phase peptide synthesis (SPPS). มันทำหน้าที่เป็นอนุพันธ์กรดอะมิโนที่ได้รับการป้องกัน โดยซึ่งกลุ่ม Fmoc ปกป้องหมู่อะมิโน และกลุ่ม Boc ปกป้องไนโตรเจนของpiperidyl. การป้องกันแบบคู่สองนี้ช่วยให้สามารถถอดการป้องกันแบบเลือกสรรได้ในระหว่างกระบวนการสังเคราะห์ ซึ่งช่วยให้สามารถสร้างเปปไทด์ที่ซับซ้อนแบบทีละขั้นตอนได้. การประยุกต์ใช้นี้มีความสำคัญในการผลิตเปปไทด์สำหรับการวิจัยเภสัชกรรม การพัฒนายา และการศึกษาทางชีวเคมี ซึ่งต้องการการควบคุมที่แม่นยำในการรวมกรดอะมิโน.

นอกจากนี้ ยังมีคุณค่าต่อการสังเคราะห์ยาที่มีพื้นฐานจากเปปไทด์ รวมถึงฮอร์โมน ตัวยับยั้งเอนไซม์ และระบบการส่งยาที่มีเป้าหมายเฉพาะ.

สารเคมีนี้ยังถูกนำไปใช้ในงานวิจัยทางเคมีอินทรีย์และชีวเคมี เพื่อสร้างโมเลกุลที่ซับซ้อน เช่น เปปไทด์ที่มีโครงสร้างเฉพาะเจาะจง กระบวนการสังเคราะห์ด้วยสารเคมีนี้มักใช้ในเครื่องมืออัตโนมัติสำหรับการสังเคราะห์เปปไทด์ (Peptide synthesizer) ซึ่งช่วยเพิ่มประสิทธิภาพและความแม่นยำในการทำงาน.

อีกทั้งยังมีการประยุกต์ใช้ในอุตสาหกรรมเภสัชกรรม เพื่อพัฒนายาใหม่ๆ ที่มีเป้าหมายเฉพาะเจาะจง เช่น ยาต้านมะเร็งหรือยาที่ออกฤทธิ์ต่อระบบประสาท เนื่องจากโครงสร้างของสารเคมีนี้สามารถปรับเปลี่ยนได้ง่ายเพื่อให้เหมาะสมกับความต้องการของโมเลกุลเป้าหมาย.