สารนี้ใช้หลักในการสังเคราะห์เปปไทด์ โดยเฉพาะในกระบวนการ solid-phase peptide synthesis (SPPS) สารนี้ทำหน้าที่เป็นอนุพันธ์กรดอะมิโนที่ได้รับการป้องกัน โดยกลุ่ม Fmoc (fluorenylmethyloxycarbonyl) ป้องกันหมู่เอมีโน และกลุ่ม Boc (tert-butyloxycarbonyl) ป้องกันไนโตรเจนของ piperidine การป้องกันแบบคู่ช่วยให้สามารถถอดการป้องกันแบบเลือกได้ในระหว่างการประกอบเปปไทด์แบบ stepwise ทำให้ควบคุมลำดับได้อย่างแม่นยำ สารนี้มีคุณค่ามากในการสังเคราะห์เปปไทด์ที่มีอนุพันธ์ piperidine ซึ่งพบได้บ่อยในโมเลกุลชีวภาพและยา การประยุกต์ใช้สารนี้มีความสำคัญในงานวิจัยและพัฒนายาเปปไทด์ โดยที่ความซับซ้อนของโครงสร้างและการป้องกันกลุ่มฟังก์ชันเป็นสิ่งจำเป็น