สารเคมีนี้ใช้หลักในการสังเคราะห์เปปไทด์ในฐานะอนุพันธ์กรดอะมิโนที่ได้รับการป้องกัน โดยทำหน้าที่เป็นส่วนประกอบพื้นฐานในการสร้างเปปไทด์ที่มีลำดับเฉพาะ โดยเฉพาะในกระบวนการสังเคราะห์เปปไทด์แบบเฟสแข็ง (SPPS) กลุ่ม fluorenylmethoxycarbonyl (Fmoc) ทำหน้าที่เป็นกลุ่มป้องกันสำหรับฟังก์ชันอะมิโน เพื่อให้เกิดปฏิกิริยาแบบเลือกสรรระหว่างการยืดห่วงโซ่เปปไทด์ ส่วน imidazole ที่ได้รับการป้องกันด้วย benzyl ช่วยให้สามารถรวมโครงสร้างคล้าย histidine เข้าไปในเปปไทด์ ซึ่งมีคุณค่าในการศึกษาจุดออกฤทธิ์ของเอนไซม์ การโต้ตอบระหว่างโปรตีน และการออกแบบเปปไทด์ชีวภาพ การประยุกต์ใช้สารนี้มีบทบาทสำคัญในการวิจัยเภสัชกรรม โดยช่วยในการพัฒนายาเพปไทด์ เช่น สารต้านจุลินทรีย์ อนุพันธ์ฮอร์โมน และตัวยับยั้งเอนไซม์ นอกจากนี้ ยังใช้ในการศึกษาทางชีวเคมีเพื่อตรวจสอบบทบาทของสารตกค้าง histidine ในการทำงานและความเสถียรของโปรตีน