(R)-N-Acetyl-5-Chloro-Trp-OMe ใช้หลักในการวิจัยและพัฒนาในสาขาเคมีอินทรีย์และชีวเคมี โดยทำหน้าที่เป็นสารกลางสำคัญในการสังเคราะห์โมเลกุลที่ซับซ้อนมากขึ้น โดยเฉพาะในการศึกษาการปรับเปลี่ยนเปปไทด์และปฏิกิริยาของเอนไซม์ โครงสร้างของมันมีคุณค่าในการตรวจสอบบทบาทของกรดอะมิโนเฉพาะในกระบวนการทางชีวภาพ ช่วยในการออกแบบตัวยับยั้งเอนไซม์หรือลิแกนด์ตัวรับ นอกจากนี้ยังใช้ในการพัฒนาสารประกอบคีเรล ซึ่งมีส่วนช่วยในการพัฒนาการสังเคราะห์แบบอะซิมเมตริกและการประยุกต์ใช้ทางเภสัชกรรม แหวนอะโรมาติกที่มีคลอรีนยังทำให้เป็นโปรบที่มีประโยชน์ในการศึกษาการโต้ตอบแบบฮาโลเจนบอนดิ้งในงานศึกษาการจดจำโมเลกุล