สารประกอบนี้ใช้หลักในการสังเคราะห์เปปไทด์ โดยเฉพาะในวิธี solid-phase peptide synthesis (SPPS) ทำหน้าที่เป็นอนุพันธ์กรดอะมิโนที่ได้รับการป้องกัน โดยกลุ่ม Fmoc (fluorenylmethyloxycarbonyl) ทำหน้าที่เป็นกลุ่มป้องกันชั่วคราวสำหรับฟังก์ชันอะมีน ซึ่งช่วยให้สามารถเพิ่มกรดอะมิโนตามลำดับเพื่อสร้างเปปไทด์ด้วยความแม่นยำและการควบคุมสูง สารนี้มีคุณค่าอย่างยิ่งในการสังเคราะห์เปปไทด์ที่ต้องรวม (R)-3-(methylamino)butanoic acid ซึ่งเป็นกรดอะมิโนที่ไม่เป็นธรรมชาติ เข้าไปในโครงสร้าง เปปไทด์ดังกล่าวมักถูกสำรวจในงานวิจัยเภสัชกรรมเพื่อพัฒนายา เช่น ตัวยับยั้งเอนไซม์ ตัวปรับตัวรับ และเปปไทด์ชีวภาพที่มีกิจกรรม นอกจากนี้ การใช้ใน SPPS ยังช่วยผลิตเปปไทด์ที่มีสเตอรีโอเคมีเฉพาะเจาะจง ซึ่งสำคัญต่อกิจกรรมทางชีวภาพและการโต้ตอบกับโมเลกุลเป้าหมาย