Fmoc-D-Dap(Boc)-OH ใช้หลักในการสังเคราะห์เปปไทด์ โดยเฉพาะอย่างยิ่งใน solid-phase peptide synthesis (SPPS) สารนี้ทำหน้าที่เป็นส่วนประกอบพื้นฐานในการสร้างเปปไทด์ที่มีลำดับเฉพาะ โดยให้การป้องกันกลุ่มอะมิโนระหว่างกระบวนการสังเคราะห์ กลุ่ม Fmoc ช่วยให้เกิดการกำจัดสารป้องกันอย่างเลือกสรร ในขณะที่กลุ่ม Boc ปกป้องความสามารถของสายข้าง สารนี้มีประโยชน์เป็นพิเศษในการสังเคราะห์เปปไทด์ที่มีกรดอะมิโนแบบ D ซึ่งมักนำมาใช้ในการพัฒนายาและการวิจัยทางชีวเคมี เนื่องจากมีเสถียรภาพสูงขึ้นและต้านทานการย่อยสลายโดยเอนไซม์ การประยุกต์ใช้สารนี้มีความสำคัญในการผลิตเปปไทด์สำหรับวัตถุประสงค์ด้านการบำบัด การวินิจฉัย และการวิจัย