สารเคมีนี้ถูกนำมาใช้หลักในการสังเคราะห์เปปไทด์ โดยเฉพาะในกระบวนการสังเคราะห์เปปไทด์แบบเฟสของแข็ง (Solid-phase peptide synthesis: SPPS) มันทำหน้าที่เป็นรูปแบบที่ได้รับการป้องกันของ β-ไฮดรอกซี่โพรลีน โดยซึ่งกลุ่ม Fmoc (fluorenylmethyloxycarbonyl) ทำหน้าที่เป็นกลุ่มป้องกันสำหรับส่วนประกอบเอมีโน ช่วยให้สามารถเพิ่มกรดอะมิโนแบบควบคุมและต่อเนื่องได้ในระหว่างการประกอบโซ่เปปไทด์ ส่วนประกอบ β-ไฮดรอกซี่โพรลีนมีความสำคัญในการสังเคราะห์เปปไทด์ที่เลียนแบบโครงสร้างคล้ายคอลลาเจนหรือเปปไทด์ที่กระตุ้นทางชีวภาพอื่นๆ การประยุกต์ใช้ของมันมีความสำคัญในการพัฒนาเปปไทด์บำบัด เปปไทด์สำหรับการวิจัย และในการศึกษากโครงสร้างและหน้าที่ของโปรตีน การป้องกันด้วย Fmoc ช่วยให้กลุ่มเอมีโนคงอยู่อย่างเฉื่อยชาในระหว่างปฏิกิริยาการจับคู่ และสามารถถูกกำจัดออกได้อย่างเลือกสรรภายใต้สภาวะเบสอ่อน ทำให้เข้ากันได้กับโปรโตคอลการสังเคราะห์เปปไทด์ที่หลากหลาย