สารเคมีนี้ถูกนำไปใช้หลักๆ ในสาขาการสังเคราะห์เปปไทด์เป็นส่วนประกอบพื้นฐานในการสร้างโครงสร้างเปปไทด์ที่ซับซ้อน มันทำหน้าที่เป็นอนุพันธ์กรดอะมิโนที่ได้รับการป้องกัน โดยกลุ่มฟลูออเรนิลเมทอกซีคาร์บอนิล (Fmoc) ทำหน้าที่เป็นกลุ่มป้องกันสำหรับส่วนอะมิโน ซึ่งช่วยให้สามารถประกอบเปปไทด์ได้อย่างควบคุมและต่อเนื่อง โดยเฉพาะในวิธีการสังเคราะห์เปปไทด์แบบเฟสตะกอน (SPPS) การมีกลุ่มไดคลอโรฟีนิลสามารถให้คุณสมบัติเฉพาะทาง steric และอิเล็กทรอนิกส์แก่เปปไทด์ ซึ่งอาจส่งผลต่อกิจกรรมทางชีวภาพหรือความสามารถในการจับคู่ของมัน มักใช้ในการพัฒนายา พепไทด์สำหรับการวิจัย และสารประกอบชีวภาพที่ต้องการการรวมกรดอะมิโนอย่างแม่นยำ นอกจากนี้ ยังนำไปใช้ในการศึกษาการโต้ตอบระหว่างเปปไทด์-โปรตีน และการออกแบบยาที่มีพื้นฐานจากเปปไทด์