Fmoc-Orn-OH.HCl ใช้ในการสังเคราะห์เปปไทด์ โดยเฉพาะในกระบวนการ solid-phase peptide synthesis (SPPS) ทำหน้าที่เป็นส่วนประกอบพื้นฐานสำหรับการนำเอร์นิทีน (ornithine) เข้าสู่ห่วงโซ่เปปไทด์ กลุ่ม Fmoc ช่วยปกป้องกลุ่มอะมิโนระหว่างการสังเคราะห์ เพื่อให้เกิดปฏิกิริยาแบบเลือกสรร หลังการสังเคราะห์ กลุ่ม Fmoc สามารถถูกกำจัดออกภายใต้สภาวะอ่อนโยน ช่วยให้สามารถต่อยอดห่วงโซ่เปปไทด์ได้ สารนี้มีความสำคัญในการผลิตเปปไทด์สำหรับงานวิจัย การพัฒนายา และการศึกษาทางชีวเคมี นอกจากนี้ยังใช้ในการสร้างเปปไทด์ที่มีโครงสร้างหรือคุณสมบัติเฉพาะเจาะจง เช่น เปปไทด์สำหรับการใช้งานต้านจุลินทรีย์หรือการรักษา