Fmoc-Cys(Et)-OH ใช้อย่างแพร่หลายในการสังเคราะห์เปปไทด์ในฐานะกลุ่มปกป้องสำหรับ cysteine residues กลุ่ม Fmoc ปกป้องกลุ่มอะมิโนระหว่างการประกอบโซ่เปปไทด์ ในขณะที่กลุ่มเอทิล (Et) ปกป้องโซ่ข้าง thiol ของ cysteine เพื่อป้องกันปฏิกิริยาข้างเคียงที่ไม่ต้องการหรือการออกซิเดชัน สารนี้มีคุณค่าอย่างยิ่งใน solid-phase peptide synthesis (SPPS) ซึ่งการยกเลิกการปกป้องแบบเลือกเพศช่วยให้การยืดเปปไทด์ได้ควบคุม การประยุกต์ใช้ช่วยให้มั่นใจในความเสถียรและความสมบูรณ์ของเปปไทด์ที่มี cysteine ซึ่งมักเสี่ยงต่อการก่อตัวพันธะไดซัลไฟด์หรือการย่อยสลายโดยไม่ต้องการ ทำให้จำเป็นสำหรับการผลิตเปปไทด์ที่ใช้ในการพัฒนายา การวิจัยชีวเคมี และการศึกษาการโต้ตอบของโปรตีน