Fmoc-Cys(Dpm)-OH ใช้กันอย่างแพร่หลายในการสังเคราะห์เปปไทด์ โดยเฉพาะในวิธี solid-phase peptide synthesis (SPPS) ซึ่งเป็นสารอนุพันธ์ซีสเทอีนที่ได้รับการป้องกัน โดยกลุ่ม Fmoc ปกป้องหมู่เอมีน และกลุ่ม Dpm (diphenylmethyl) ปกป้องหมู่ไทออลข้างของซีสเทอีน การป้องกันนี้มีความสำคัญเพื่อป้องกันปฏิกิริยาข้างเคียงที่ไม่ต้องการระหว่างการประกอบโซ่เปปไทด์

สารนี้มีคุณค่าอย่างยิ่งในการสังเคราะห์เปปไทด์ที่มีสารตกค้างซีสเทอีน ซึ่งมักมีส่วนร่วมในการก่อตัวพันธะดิสัลไฟด์ที่จำเป็นสำหรับความเสถียรของโครงสร้างและกิจกรรมทางชีวภาพของโปรตีนหลายชนิด ความเข้ากันได้กับ SPPS แบบ Fmoc ทำให้เป็นตัวเลือกที่ชื่นชอบในการผลิตเปปไทด์ซับซ้อนสำหรับการวิจัยเภสัชกรรม การพัฒนายา และการศึกษาทางชีวเคมี

นอกจากนี้ Fmoc-Cys(Dpm)-OH ยังใช้ในการเตรียมยารักษาแบบเปปไทด์ วัคซีน และเครื่องมือวินิจฉัย โดยที่จำเป็นต้องควบคุมการรวมซีสเทอีนอย่างแม่นยำ ความเสถียรภายใต้สภาวะ SPPS มาตรฐานช่วยให้การสังเคราะห์เปปไทด์มีประสิทธิภาพและเชื่อถือได้ หลังการสังเคราะห์ กลุ่มป้องกันเหล่านี้สามารถกำจัดออกได้โดยใช้สารเคมีที่เหมาะสม