Fmoc-D-Ala-OH.H2O ถูกนำมาใช้อย่างกว้างขวางในกระบวนการสังเคราะห์เปปไทด์ โดยเฉพาะในเทคนิค Solid-phase peptide synthesis (SPPS) ซึ่งเป็นวิธีการหลักในการสร้างเปปไทด์ในห้องปฏิบัติการ สารนี้ทำหน้าที่เป็นหน่วยสร้าง (building block) ที่สำคัญในการเชื่อมต่อกรดอะมิโน D-alanine เข้ากับสายเปปไทด์ที่กำลังสังเคราะห์ กลุ่ม Fmoc (Fluorenylmethyloxycarbonyl) ทำหน้าที่เป็นกลุ่มป้องกัน (protecting group) สำหรับหมู่เอมีนของกรดอะมิโน ซึ่งสามารถกำจัดออกได้อย่างง่ายดายโดยใช้เบส เช่น ไพเปอริดีน ในระหว่างกระบวนการสังเคราะห์ นอกจากนี้ Fmoc-D-Ala-OH.H2O ยังมีความสำคัญในการศึกษาการจัดเรียงตัวของเปปไทด์และโปรตีน รวมถึงการออกแบบโมเลกุลยาที่ต้องการโครงสร้างเฉพาะทาง