สารนี้มักใช้ในการสังเคราะห์เปปไทด์และโปรตีน โดยเฉพาะในกระบวนการ Solid-phase peptide synthesis (SPPS) ซึ่งเป็นเทคนิคที่ใช้ในการสร้างเปปไทด์อย่างมีประสิทธิภาพ กลุ่มฟลูออเรนิลเมทอกซีคาร์บอนิล (Fmoc) ที่อยู่ในโครงสร้างของสารนี้ทำหน้าที่เป็นกลุ่มป้องกันสำหรับหมู่อะมิโน ในระหว่างการสังเคราะห์เปปไทด์ กลุ่ม Fmoc สามารถถูกกำจัดออกได้อย่างง่ายดายโดยใช้เบส เช่น ไพเพอริดีน เพื่อเปิดเผยหมู่อะมิโนสำหรับการสร้างพันธะเปปไทด์ต่อไป นอกจากนี้ โครงสร้างที่มีอินโดลยังช่วยให้สารนี้มีบทบาทสำคัญในการสังเคราะห์เปปไทด์ที่มีทริปโตเฟนหรืออนุพันธ์ของทริปโตเฟน ซึ่งเป็นกรดอะมิโนที่สำคัญในกระบวนการทางชีววิทยาหลายอย่าง