Boc-D-3,5-Difluorophenylalanine ใช้ในการสังเคราะห์เปปไทด์เพื่อนำเข้าด้านข้างอะโรมาติกที่ถูกฟลูออรีน ทำให้เพิ่มความเสถียรและ bioavailability ของเปปไทด์ กลุ่มป้องกัน Boc ช่วยให้สามารถกำจัดแบบเลือกได้ในระหว่างการสังเคราะห์เปปไทด์แบบเฟสของแข็ง ซึ่งช่วยให้ควบคุมลำดับได้อย่างแม่นยำ ใช้กันทั่วไปในการพัฒนายา 기반เปปไทด์ โดยเฉพาะในการกำหนดเป้าหมายปฏิกิริยาโปรตีนเฉพาะหรือปรับปรุงความต้านทานทางเมแทบอลิซึม กลุ่ม difluorophenyl สามารถมีอิทธิพลต่อความสัมพันธ์การจับและ selectivity ของเปปไทด์ ทำให้มีคุณค่าในการออกแบบตัวแทนบำบัดสำหรับโรคเช่นมะเร็งหรือการติดเชื้อ นอกจากนี้ยังใช้ในการวิจัยเพื่อศึกษาผลกระทบของการฟลูออรีนต่อโครงสร้างและการทำงานของเปปไทด์