Fmoc-D-Glu-OtBu ใช้ในการสังเคราะห์เปปไทด์ โดยเฉพาะในกระบวนการ solid-phase peptide synthesis (SPPS) ซึ่งเป็นวิธีการที่นิยมในการสร้างเปปไทด์ในห้องปฏิบัติการ ตัวเคมีนี้ทำหน้าที่เป็นหน่วยสร้าง (building block) ที่มีกลุ่มป้องกัน (protecting groups) คือ Fmoc (Fluorenylmethyloxycarbonyl) และ tBu (tert-butyl) ที่ช่วยป้องกันกลุ่มฟังก์ชันที่ไม่ต้องการให้เกิดปฏิกิริยาในขั้นตอนต่าง ๆ ของการสังเคราะห์ กลุ่ม Fmoc สามารถถูกกำจัดออกได้ง่ายโดยใช้เบส เช่น piperidine ทำให้สามารถต่อเปปไทด์ได้ตามลำดับที่ต้องการ นอกจากนี้ ยังใช้ในการวิจัยและพัฒนายา โดยเฉพาะยาที่เกี่ยวข้องกับเปปไทด์และโปรตีน ซึ่งช่วยในการศึกษาคุณสมบัติทางชีวภาพและกิจกรรมทางเภสัชวิทยา