สารเคมีนี้ใช้เป็นหลักในการสังเคราะห์เปปไทด์ โดยทำหน้าที่เป็นอนุพันธ์กรดอะมิโนที่ได้รับการป้องกัน กลุ่มฟลูออเรนิลเมท็อกซีคาร์บอนิล (Fmoc) ทำหน้าที่เป็นกลุ่มป้องกันสำหรับหมู่ฟังก์ชันอะมิโน ช่วยให้สามารถถอดการป้องกันอย่างเลือกเฉพาะได้ในระหว่างกระบวนการสังเคราะห์ มีคุณค่าอย่างยิ่งในการสังเคราะห์เปปไทด์แบบเฟสตะกอน (SPPS) ซึ่งช่วยให้สามารถสร้างเปปไทด์แบบทีละขั้นตอนด้วยความแม่นยำสูง การมีส่วนของ 2,4-ไดคลอโรฟีนิล สามารถมอบคุณสมบัติเฉพาะให้กับเปปไทด์ที่ได้ เช่น ความเสถียรที่เพิ่มขึ้นหรือความสามารถในการจับคู่ ทำให้มีประโยชน์ในการพัฒนายาเภสัชภัณฑ์หรือเปปไทด์ชีวภาพที่มีกิจกรรม การประยุกต์ใช้มีความสำคัญในงานวิจัยและการค้นพบยา โดยเฉพาะในการออกแบบเปปไทด์ที่มีกิจกรรมชีวภาพที่ปรับแต่งได้