L-alanine benzyl ester hydrochloride ใช้เป็นหน่วยย่อยหลักในการสังเคราะห์เปปไทด์และสารประกอบอินทรีย์อื่นๆ โดยทำหน้าที่เป็นรูปแบบที่ได้รับการป้องกันของ L-alanine ซึ่งกลุ่มเอสเตอร์เบนซิลช่วยป้องกันปฏิกิริยาที่ไม่พึงประสงค์ระหว่างการก่อตัวพันธะเปปไทด์ สารนี้มีประโยชน์อย่างยิ่งในการสังเคราะห์เปปไทด์แบบเฟสแข็ง (SPPS) ซึ่งช่วยให้สามารถประกอบกรดอะมิโนทีละขั้นตอนเพื่อสร้างลำดับเฉพาะ นอกจากนี้ยังนำไปใช้ในการเตรียมตัวเร่งปฏิกิริยาคีเรลและสารกลางสำหรับเภสัชภัณฑ์ สนับสนุนการพัฒนายาที่มีสเตอรีโอเคมีที่แม่นยำ ความเสถียรและคุณสมบัติการเกิดปฏิกิริยาของมันทำให้เป็นตัวเร่งที่มีคุณค่าทั้งในงานวิจัยทางวิชาการและกระบวนการอุตสาหกรรม เนื่องจากมีความเสถียรสูงและละลายได้ดีในตัวทำละลายอินทรีย์ จึงเหมาะสำหรับการสังเคราะห์โมเลกุลที่ซับซ้อน