Fmoc-D-Alanine ถูกนำมาใช้อย่างกว้างขวางในการสังเคราะห์เปปไทด์ โดยเฉพาะในวิธีการสังเคราะห์เปปไทด์แบบเฟสของแข็ง (Solid-phase peptide synthesis: SPPS) โดยทำหน้าที่เป็นหน่วยย่อยพื้นฐานสำหรับการนำหน่วยย่อย D-alanine เข้าสู่โซ่เปปไทด์ ซึ่งมีความสำคัญอย่างยิ่งต่อการสร้างเปปไทด์ที่มีสเตอรีโอเคมีเฉพาะเจาะจง กลุ่มป้องกัน Fmoc (fluorenylmethyloxycarbonyl) ช่วยให้เกิดการถอดกลุ่มป้องกันแบบเลือกเฉพาะระหว่างกระบวนการสังเคราะห์ ส่งผลให้สามารถควบคุมการประกอบลำดับเปปไทด์ได้อย่างแม่นยำ สารประกอบนี้มีความจำเป็นในการพัฒนา peptidomimetics เปปไทด์ชีวภาพ และยาเภสัชภัณฑ์ โดยการรวมกรดอะมิโนแบบ D สามารถเพิ่มความเสถียร bioavailability และความต้านทานต่อการย่อยสลายโดยเอนไซม์ นอกจากนี้ ยังถูกนำมาใช้ในการวิจัยเพื่อศึกษาผลกระทบของกรดอะมิโนแบบ D ต่อโครงสร้างและหน้าที่ของเปปไทด์ ซึ่งมีส่วนช่วยในการค้นพบยาและการศึกษาทางชีวเคมี