Fmoc-Ser(Ac)-OH ใช้ในการสังเคราะห์เปปไทด์ โดยเฉพาะในกระบวนการ solid-phase peptide synthesis (SPPS) กลุ่ม Fmoc ทำหน้าที่เป็นกลุ่มป้องกันที่สามารถถอดออกได้ง่ายด้วยเบส ในขณะที่กลุ่ม Ac ปกป้องไฮดรอกซิลของซีรีน เพื่อป้องกันปฏิกิริยาที่ไม่ต้องการระหว่างการสังเคราะห์ สารนี้มีความสำคัญในการสร้างเปปไทด์ที่มีซีรีนเป็นส่วนประกอบ โดยช่วยให้ได้ผลิตภัณฑ์ที่มีความบริสุทธิ์และประสิทธิภาพสูง นอกจากนี้ ยังใช้ในงานวิจัยทางชีวเคมีและเภสัชวิทยาเพื่อพัฒนายาและสารออกฤทธิ์ทางชีวภาพใหม่ๆ