สารประกอบนี้ใช้เป็นหลักในการสังเคราะห์เปปไทด์ในฐานะอนุพันธ์กรดอะมิโนที่ได้รับการป้องกัน ทำหน้าที่เป็นหน่วยก่อสร้างสำหรับการสร้างเปปไทด์ที่มีลำดับเฉพาะ โดยเฉพาะในกระบวนการสังเคราะห์เปปไทด์แบบเฟสแข็ง (SPPS) กลุ่ม fluorenylmethoxycarbonyl (Fmoc) ทำหน้าที่เป็นกลุ่มป้องกันสำหรับหมู่อะมิโน เพื่อให้เกิดปฏิกิริยาเฉพาะเจาะจงระหว่างการประกอบโซ่เปปไทด์ ส่วน trifluoromethylphenyl ช่วยเพิ่มความเสถียรของสารประกอบและสามารถมีผลต่อกิจกรรมทางชีวภาพหรือสมบัติการจับของเปปไทด์ ใช้กันอย่างแพร่หลายในการพัฒนายา โดยเฉพาะในการออกแบบยาที่มีฐานเป็นเปปไทด์ซึ่งมุ่งเป้าไปที่ตัวรับหรือเอนไซม์เฉพาะ นอกจากนี้ ยังมีการประยุกต์ใช้ในงานวิจัยสำหรับศึกษาการโต้ตอบระหว่างโปรตีน-โปรตีนและพัฒนาเปปไทด์ชีวกิจกรรมที่มีศักยภาพในการรักษา