สารนี้ถูกนำมาใช้อย่างกว้างขวางในการสังเคราะห์เปปไทด์ โดยเฉพาะในกระบวนการ solid-phase peptide synthesis (SPPS) ซึ่งเป็นเทคนิคที่ใช้ในการสร้างสายเปปไทด์อย่างมีประสิทธิภาพ โดย Fmoc-3-Ala(3-benzothienyl)-OH ทำหน้าที่เป็นหน่วยสร้าง (building block) ที่สำคัญในการนำกลุ่มฟังก์ชัน 3-benzothienyl เข้าไปในโครงสร้างเปปไทด์ ซึ่งช่วยในการปรับปรุงคุณสมบัติทางชีวภาพและความเสถียรของเปปไทด์ที่สังเคราะห์ได้ นอกจากนี้ ยังมีการนำไปใช้ในการพัฒนายาและสารออกฤทธิ์ทางชีวภาพ ที่ต้องการโครงสร้างเฉพาะเพื่อเพิ่มประสิทธิภาพในการจับกับเป้าหมายในร่างกาย