Fmoc-Cys(MMt)-OH ใช้อย่างแพร่หลายในการสังเคราะห์เปปไทด์ โดยเฉพาะอย่างยิ่งในการสังเคราะห์เปปไทด์แบบเฟสของแข็ง (SPPS) สารนี้ทำหน้าที่เป็นอนุพันธ์ซิสเตอีนที่ได้รับการป้องกัน โดยกลุ่ม Fmoc ปกป้องกลุ่มอะมิโน และกลุ่ม MMt (เมทอกซีไตรทิล) ปกป้องโซ่ข้างไทออลของซิสเตอีน การป้องกันแบบคู่นี้ช่วยให้สามารถกำจัดกลุ่มป้องกันอย่างเลือกสรรได้ในระหว่างการประกอบโซ่เปปไทด์ ซึ่งช่วยให้ควบคุมกระบวนการสังเคราะห์ได้อย่างแม่นยำ สารนี้มีคุณค่าอย่างยิ่งในการสร้างเปปไทด์ที่มีพันธะดิสัลไฟด์หลายแห่ง เนื่องจากกลุ่ม MMt สามารถกำจัดออกได้อย่างเลือกสรรโดยไม่กระทบต่อกลุ่มป้องกันอื่นๆ นอกจากนี้ สารเคมีนี้ยังใช้ในการสังเคราะห์ชีวโมเลกุลที่ซับซ้อน เช่น โปรตีนและยาที่มีฐานเป็นเปปไทด์ ซึ่งการรวมซิสเตอีนเข้าไปอย่างแม่นยำมีความสำคัญต่อการทำงานและความเสถียร