สารประกอบนี้ใช้หลักในการสังเคราะห์เปปไทด์เป็นส่วนประกอบพื้นฐานสำหรับสร้างลำดับเปปไทด์เฉพาะเจาะจง โดยเป็นรูปแบบของกรดอะมิโนที่ไม่เป็นธรรมชาติ D-Pal (3-(3-pyridyl)-D-alanine) ซึ่งช่วยให้เกิดปฏิกิริยาที่ควบคุมได้ระหว่างการประกอบโซ่เปปไทด์ การประยุกต์ใช้มีความสำคัญในการพัฒนายา โดยเฉพาะในการออกแบบยาที่มีฐานเป็นเปปไทด์ ซึ่งต้องการสเตอรีโอเคมีที่แม่นยำสำหรับกิจกรรมทางชีวภาพ นอกจากนี้ยังใช้ในการวิจัยเพื่อศึกษาการโต้ตอบระหว่างเอนไซม์และซับสเตรต และสำรวจบทบาทของกรดอะมิโน D ในระบบชีววิทยา รูปแบบไฮโดรคลอไรด์ช่วยให้ความเสถียรและความละลายในน้ำ ทำให้เหมาะสำหรับกระบวนการทดลองและอุตสาหกรรมต่างๆ