กรด 3-(((เบนซิลออกซี)คาร์บอนิล)อะมิโน)-5-เมทิลเฮกซาโนอิก ถูกนำมาใช้หลักในสาขาการสังเคราะห์อินทรีย์ โดยเฉพาะในเคมีเปปไทด์ มันทำหน้าที่เป็นอนุพันธ์กรดอะมิโนที่ได้รับการป้องกัน โดยซึ่งกลุ่มเบนซิลออกซิคาร์บอนิล (Cbz) ทำหน้าที่เป็นกลุ่มป้องกันสำหรับกลุ่มอะมิโนระหว่างการสร้างพันธะเปปไทด์ การป้องกันนี้มีความสำคัญเพื่อป้องกันปฏิกิริยาไม่พึงประสงค์และรับประกันความจำเพาะของกระบวนการสังเคราะห์ สารนี้มักถูกนำมาใช้ในการสร้างเปปไทด์แบบขั้นตอนทีละขั้นตอน ซึ่งช่วยให้สามารถเพิ่มกรดอะมิโนได้อย่างควบคุมเพื่อสร้างโครงสร้างเปปไทด์ที่ซับซ้อน นอกจากนี้ โครงสร้าง backbone แบบเมทิลเฮกซาโนอิกยังให้ลักษณะ hydrophobic ซึ่งสามารถเป็นประโยชน์ในการออกแบบเปปไทด์ที่มีคุณสมบัติการละลายหรือการจับคู่ที่เฉพาะเจาะจง หลังจากการสังเคราะห์เปปไทด์เสร็จสิ้น กลุ่ม Cbz สามารถถูกกำจัดออกได้อย่างเลือกสรรภายใต้สภาวะอ่อนโยน เผยให้เห็นกลุ่มอะมิโนอิสระสำหรับการปรับแต่งเพิ่มเติมหรือการแยกผลิตภัณฑ์สุดท้าย