ใช้เป็นสารตั้งต้นในการสังเคราะห์เปปไทด์และสารประกอบที่มีโครงสร้างอะมิโนแอซิด โดยเฉพาะในงานวิจัยด้านเภสัชกรรมเพื่อพัฒนายาที่มีเปปไทด์เป็นองค์ประกอบ นิยมใช้ในขั้นตอนการป้องกันหมู่ฟังก์ชันของอะมิโนกรุ๊ป (amine group) ขณะสังเคราะห์เปปไทด์แบบแข็ง (solid-phase peptide synthesis) เนื่องจากหมู่เบนซิลออกซีคาร์บอนิล (Cbz) สามารถป้องกันได้ดีและถอดออกได้ง่ายภายหลังด้วยวิธีไฮโดรจีเนชันหรือการย่อยสลายด้วยกรด นอกจากนี้ยังเหมาะสำหรับการสร้างโครงสร้างที่ต้องการความบริสุทธิ์สูงและควบคุมลำดับของเปปไทด์ได้อย่างแม่นยำ