ใช้ในกระบวนการสังเคราะห์เปปไทด์แบบแข็ง (solid-phase peptide synthesis) เป็นตัวป้องกันหมู่อะมิโนของกรดอะมิโนซึ่งมีหมู่ไซซีนที่มีความไวต่อการเกิดปฏิกิริยา โดยหมู่ Boc (tert-butoxycarbonyl) จะช่วยป้องกันไม่ให้เกิดปฏิกิริยาที่ปลายอะมิโนในระหว่างการสร้างพันธะเปปไทด์ ส่วนหมู่ 3,4-dimethylbenzyl ที่จับกับซัลเฟอร์ของไซซีนช่วยป้องกันไม่ให้หมู่ -SH เกิดออกซิเดชันหรือเกิดพันธะไม่พึงประสงค์ เช่น การสร้างดิซัลไฟด์ก่อนเวลาอันควร เหมาะสำหรับการสังเคราะห์เปปไทด์ที่มีโครงสร้างซับซ้อนและต้องการความบริสุทธิ์สูง โดยสามารถถอดหมู่ป้องกันออกภายหลังได้ภายใต้สภาวะกรด เช่น TFA โดยไม่ทำลายโครงสร้างเปปไทด์หลัก