ใช้ในสังเคราะห์เปปไทด์เป็นตัวป้องกันหมู่อะมิโน (amine protecting group) ในขั้นตอนการสร้างพันธะเปปไทด์ โดยหมู่ Boc (tert-butoxycarbonyl) จะช่วยป้องกันไม่ให้หมู่อะมิโนทำปฏิกิริยาในที่ที่ไม่ต้องการ ทำให้สามารถควบคุมทิศทางของการสังเคราะห์เปปไทด์ได้อย่างแม่นยำ เหมาะสำหรับการสังเคราะห์แบบขั้นตอนเดียว (stepwise synthesis) หรือในระบบสังเคราะห์เปปไทด์อัตโนมัติ นอกจากนี้โครงสร้าง tert-butyl ที่ตำแหน่ง alpha ช่วยเพิ่มความคงตัวของโมเลกุลและลดการเกิดปฏิกิริยาข้างเคียงในระหว่างกระบวนการสังเคราะห์