ใช้ในกระบวนการสังเคราะห์เปปไทด์และโปรตีน โดยทำหน้าที่เป็นตัวป้องกันหมู่อะมิโน (amine protecting group) ระหว่างการสร้างพันธะเปปไทด์ เพื่อป้องกันไม่ให้เกิดปฏิกิริยาที่ไม่ต้องการ กลุ่ม Boc (tert-butoxycarbonyl) สามารถถอดออกได้ง่ายภายใต้สภาวะกรดอ่อน เช่น ด้วย TFA (trifluoroacetic acid) โดยไม่ทำลายโครงสร้างเปปไทด์ ทำให้เหมาะสำหรับการสังเคราะห์แบบขั้นบันได (stepwise synthesis) หรือการใช้ในระบบสังเคราะห์เปปไทด์อัตโนมัติ นอกจากนี้ยังใช้ในสังเคราะห์สารประกอบออร์แกนิกอื่นที่ต้องการควบคุมการเกิดปฏิกิริยาของหมู่อะมิโน