ใช้ในกระบวนการสังเคราะห์เปปไทด์ โดยเฉพาะในงานวิจัยด้านเภสัชกรรม ซึ่งสารนี้ทำหน้าที่เป็นหน่วยย่อยของกรดอะมิโนที่มีการป้องกันกลุ่มแอมิโนด้วยหมู่ Boc (tert-butoxycarbonyl) และมีหมู่เมธิลเอสเทอร์ป้องกันกลุ่มคาร์บอกซิล ทำให้สามารถควบคุมการสร้างพันธะเปปไทด์ได้อย่างแม่นยำ หมู่ไอโอดีนที่ตำแหน่ง 4 บนวงเบนซีนของฟีนิลอะลานีน ช่วยให้สามารถทำปฏิกิริยาเคมีเพิ่มเติมได้ เช่น การทำ cross-coupling reactions ในการสร้างโมเลกุลที่ซับซ้อน หรือใช้ติดตามโมเลกุลในงานศึกษาด้วยเทคนิคเรืองแสงหรือรังสี นิยมใช้ในสังเคราะห์สารประกอบที่มีศักยภาพเป็นยารักษาโรค โดยเฉพาะที่ต้องการโมเลกุลที่มีโครงสร้างเฉพาะและเสถียรภาพสูง