ใช้เป็นตัวกลางสำคัญในกระบวนการสังเคราะห์สารประกอบเปปไทด์และสารประกอบที่มีโครงสร้างคล้ายเปปไทด์ โดยเฉพาะในงานวิจัยและพัฒนายาที่ต้องการควบคุมการจับตัวของโปรตีนหรือเอนไซม์ เนื่องจากมีหมู่ Boc (tert-butoxycarbonyl) ซึ่งทำหน้าที่ป้องกันหมู่อะมิโนชั่วคราวในระหว่างการสังเคราะห์ ทำให้สามารถควบคุมลำดับการสร้างพันธะเปปไทด์ได้อย่างแม่นยำ นอกจากนี้โครงสร้างไซโคลเฮกซิลช่วยเพิ่มความเป็นน้ำมันของโมเลกุล ซึ่งส่งผลดีต่อการผ่านเยื่อหุ้มเซลล์ในสารออกฤทธิ์บางชนิด จึงนิยมใช้ในสังเคราะห์สารต้นแบบทางเภสัชกรรมที่ต้องการคุณสมบัติด้านชีวภาพเฉพาะทาง