ใช้ในสังเคราะห์เปปไทด์และโปรตีน โดยทำหน้าที่เป็นตัวป้องกันหมู่อะมิโน (amine protecting group) ในขั้นตอนการสร้างพันธะเปปไทด์ ช่วยป้องกันไม่ให้หมู่อะมิโนทำปฏิกิริยาในทิศทางที่ไม่ต้องการ ทำให้สามารถควบคุมลำดับของกรดอะมิโนได้อย่างแม่นยำ เหมาะสำหรับใช้ในสังเคราะห์แบบแข็ง (solid-phase synthesis) และสังเคราะห์ในสารละลาย โดยสามารถกำจัดหมู่ป้องกัน Boc ได้ง่ายภายใต้สภาวะกรดอ่อน ขณะที่หมู่เบนซิลเอสเทอร์สามารถกำจัดได้ภายหลังด้วยการไฮโดรจีเนชัน ทำให้เหมาะกับการสร้างโมเลกุลที่ซับซ้อนในห้องปฏิบัติการและอุตสาหกรรมยา