ใช้ในสังเคราะห์เปปไทด์เป็นบล็อกก่อสร้างที่ได้รับการป้องกัน Boc-Pro-OMe ช่วยให้สามารถประกอบสายเปปไทด์ได้อย่างควบคุม หมู่ Boc (tert-butoxycarbonyl) ปกป้องหน้าที่อะมิโนระหว่างปฏิกิริยาการจับคู่ ป้องกันปฏิกิริยาไม่พึงประสงค์ เอสเทอร์เมทิล (OMe) ทำหน้าที่เป็นหมู่ป้องกันสำหรับกรดคาร์บอกซิลิก ซึ่งสามารถกำจัดออกได้ภายใต้สภาวะอ่อนโยนเมื่อจำเป็น สารประกอบนี้มีประโยชน์โดยเฉพาะในสังเคราะห์เปปไทด์แบบเฟสแข็งและเฟสละลาย โดยเฉพาะเมื่อรวม proline residues ซึ่งมีอิทธิพลต่อการกำหนดรูปแบบเปปไทด์เนื่องจากโครงสร้างวงแหวนของมัน มักใช้ในการผลิตยา เปปไทด์ชีวภาพ และตัวทำปฏิกิริยาวิจัยที่ต้องการการควบคุมลำดับที่แม่นยำ