ใช้อย่างแพร่หลายในการสังเคราะห์เพปไทด์ สารประกอบนี้ทำหน้าที่เป็นหน่วยย่อยกรดอะมิโนที่ได้รับการป้องกัน ช่วยให้สามารถประกอบเพปไทด์แบบทีละขั้นตอนด้วยความแม่นยำสูง กลุ่ม Fmoc ช่วยให้สามารถกำจัดสารป้องกันด้วยการเหนี่ยวนำจากฐานอ่อน ขณะที่เอสเตอร์อัลลิลให้การป้องกันแบบออร์โธกอนัลสำหรับกรดคาร์บอกซิลิก ซึ่งสามารถกำจัดออกได้อย่างเลือกสรรภายใต้สภาวะเป็นกลางโดยใช้ตัวเร่งปฏิกิริยาพัลลาเดียม ทำให้มีคุณค่าต่อการสังเคราะห์เพปไทด์แบบเฟสแข็ง โดยเฉพาะในการสังเคราะห์เพปไทด์ซับซ้อนที่ต้องการการกำจัดสารป้องกันข้างโซ่แบบเลือกสรร รูปแบบเกลือไฮโดรคลอไรด์ช่วยเพิ่มความเสถียรและความละลายในตัวทำละลายขั้วทั่วไป สนับสนุนการจัดการและประสิทธิภาพการจับคู่