ใช้เป็นตัวกลางสำคัญในการสังเคราะห์เปปไทด์ทางเภสัชกรรม โดยเฉพาะในการผลิตยับยั้งโปรติเอสและยาต้านไวรัส หมู่อะมิโนที่ได้รับการป้องกันช่วยให้สามารถจับคู่แบบเลือกสรรในกระบวนการสังเคราะห์เปปไทด์แบบเฟสแข็ง (solid-phase peptide synthesis) ซึ่งช่วยให้ได้ความบริสุทธิ์และผลผลิตสูง โดยหมู่ tert-butoxycarbonyl (Boc) ทำหน้าที่เป็นหมู่ป้องกันหมู่อะมิโน ช่วยควบคุมการเกิดปฏิกิริยาเฉพาะตำแหน่งที่ต้องการ และป้องกันไม่ให้เกิดปฏิกิริยาข้างเคียงระหว่างกระบวนการสังเคราะห์ นิยมใช้ในการพัฒนามิเมติกส์ไดเปปไทด์ฐานไกลซีน ซึ่งสนับสนุนการสร้างสารประกอบที่มีกิจกรรมทางชีวภาพพร้อมความเสถียรทางเมแทบอลิซึมที่ปรับปรุงแล้ว นอกจากนี้ยังใช้ในงานวิจัยสำหรับกลยุทธ์การติดฉลากและการคอนจูเกต เนื่องจากมีฟังก์ชันอะมีนที่ทำปฏิกิริยาได้หลังจากการถอดกลุ่มป้องกัน