สารนี้ถูกนำไปใช้ในการสังเคราะห์เปปไทด์ โดยเฉพาะในกระบวนการสร้างสายเปปไทด์แบบ Solid-phase peptide synthesis (SPPS) ซึ่งเป็นเทคนิคที่ใช้ในการสร้างโปรตีนหรือเปปไทด์ในห้องปฏิบัติการ โดย Fmoc-Lys(2-Cl-Z)-OH ทำหน้าที่เป็นหน่วยสร้าง (building block) ที่สำคัญสำหรับการเพิ่มกรดอะมิโนไลซีนเข้าไปในสายเปปไทด์ กลุ่มป้องกัน 2-Cl-Z (2-Chlorobenzyloxycarbonyl) ช่วยป้องกันกลุ่มฟังก์ชันด้านข้างของไลซีนในระหว่างกระบวนการสังเคราะห์ ในขณะที่กลุ่ม Fmoc (Fluorenylmethyloxycarbonyl) ทำหน้าที่ป้องกันกลุ่มอะมิโนในช่วงการสร้างสายเปปไทด์ และสามารถกำจัดออกได้ง่ายเมื่อสิ้นสุดขั้นตอนแต่ละขั้น สารนี้จึงมีความสำคัญในการควบคุมและสร้างเปปไทด์ที่มีโครงสร้างซับซ้อนและเฉพาะเจาะจง