Fmoc-His(Fmoc)-OH ใช้อย่างแพร่หลายในการสังเคราะห์เปปไทด์ โดยเฉพาะในวิธีการ solid-phase peptide synthesis (SPPS) มันทำหน้าที่เป็นรูปแบบที่ได้รับการป้องกันของฮิสทิดีน (histidine) โดยที่กลุ่ม Fmoc (fluorenylmethyloxycarbonyl) ปกป้องกลุ่มฟังก์ชันอะมิโนและอิมาดาโซลระหว่างการประกอบโซ่เปปไทด์ การป้องกันนี้ช่วยให้เกิดการถอดการป้องกันแบบเลือกสรรและป้องกันปฏิกิริยาไม่พึงประสงค์ มันมีคุณค่าอย่างยิ่งในการสังเคราะห์เปปไทด์ที่มีสารตกค้างฮิสทิดีน ซึ่งพบได้บ่อยในเปปไทด์และโปรตีนที่ biologically active การประยุกต์ใช้ของมันมีความสำคัญอย่างยิ่งในงานวิจัยเภสัชกรรม การพัฒนายา และการผลิตยาที่มีฐานเป็นเปปไทด์ ซึ่งการควบคุมการนำเข้า amino acid อย่างแม่นยำเป็นสิ่งจำเป็น