สารประกอบนี้ใช้หลักในการสังเคราะห์เปปไทด์ในฐานะอนุพันธ์กรดอะมิโนที่ได้รับการป้องกัน กลุ่มฟลูออเรนิลเมท็อกซีคาร์บอนิล (Fmoc) ทำหน้าที่เป็นกลุ่มป้องกันสำหรับฟังก์ชันอะมีน เพื่อให้เกิดปฏิกิริยาแบบเลือกสรรในกระบวนการสังเคราะห์ โดยเฉพาะอย่างยิ่งมีคุณค่าต่อการสังเคราะห์เปปไทด์แบบเฟสตะกอน (SPPS) ซึ่งช่วยให้สามารถสร้างเปปไทด์แบบขั้นตอนทีละขั้นด้วยความแม่นยำสูง โครงสร้างวงแหวนไซโคลเพนเทนให้ความแข็งตัวเชิงคอนฟอร์เมชัน ซึ่งสามารถเป็นประโยชน์ในการออกแบบเปปไทด์ที่มีคุณสมบัติโครงสร้างเฉพาะ หลังจากประกอบสายโซ่เปปไทด์แล้ว กลุ่ม Fmoc สามารถถูกกำจัดออกได้อย่างง่ายดายภายใต้สภาวะเบสอ่อน ทำให้เป็นเครื่องมือที่หลากหลายในเคมีอินทรีย์และเคมียาในการพัฒนายาและชีวโมเลกุลที่อิงจากเปปไทด์