สารนี้ถูกนำไปใช้เป็นหลักในการสังเคราะห์เปปไทด์ โดยทำหน้าที่เป็นส่วนประกอบหลักที่สำคัญ ช่วยในการนำกลุ่มฟังก์ชันเฉพาะเข้าไปในสายเปปไทด์ โดยเฉพาะในกระบวนการ solid-phase peptide synthesis (SPPS) กลุ่มฟลูออเรนิลเมท็อกซี่คาร์บอนิล (Fmoc) ทำหน้าที่เป็นกลุ่มป้องกันสำหรับเอมีน เพื่อให้เกิดการถอดป้องกันแบบเลือกเพศและการประกอบลำดับเปปไทด์ที่ควบคุมได้ โครงสร้างของสารนี้ซึ่งมีส่วนของ pentanoic acid ช่วยให้การจับคู่เกิดขึ้นอย่างมีประสิทธิภาพ ในขณะที่กลุ่ม dimethoxy phenoxy ช่วยเพิ่มความเสถียรและความละลายในตัวทำละลายอินทรีย์ การนำไปใช้มีบทบาทสำคัญในการผลิตเปปไทด์ที่ซับซ้อนสำหรับการวิจัยเภสัชกรรม การพัฒนายา และการศึกษาทางชีวเคมี