((Benzyloxy)carbonyl)-L-allothreonine ใช้เป็นส่วนประกอบพื้นฐานในการสังเคราะห์เปปไทด์ โดยเฉพาะในการผลิตเปปไทด์และโปรตีนที่ถูกดัดแปลง เป็นรูปแบบที่ป้องกันของ L-allothreonine ซึ่งช่วยให้เกิดปฏิกิริยาเลือกเฉพาะในกระบวนการสังเคราะห์อินทรีย์ที่ซับซ้อน ใช้ในงานวิจัยเภสัชกรรมสำหรับพัฒนาเปปไทด์บำบัดและศึกษาการโต้ตอบระหว่างเอนไซม์กับซับสเตรต นอกจากนี้ยังใช้ในชีวเคมีสำหรับการตรวจสอบโครงสร้างและหน้าที่ของโปรตีน กลุ่มป้องกันของมันช่วยให้สามารถถอดป้องกันได้อย่างควบคุม ทำให้มีคุณค่าในกระบวนการสังเคราะห์หลายขั้นตอน