เมทิล Z-L-อะลานินาไมด์ ใช้หลักในการสังเคราะห์เปปไทด์เป็นสารป้องกัน (protecting group) สำหรับกรดอะมิโน ช่วยป้องกันปฏิกิริยาที่ไม่ต้องการที่กลุ่มอะมิโนระหว่างการสร้างพันธะเปปไทด์ เพื่อให้แน่ใจในลำดับและโครงสร้างที่ต้องการของเปปไทด์ สารนี้มีคุณค่าอย่างยิ่งในการผลิตเปปไทด์และโปรตีนที่ซับซ้อนสำหรับงานวิจัยและการประยุกต์ใช้ทางเภสัชกรรม นอกจากนี้ยังมีบทบาทในการพัฒนาเปปไทด์ที่มีฤทธิ์ทางชีวภาพ ซึ่งใช้ในการค้นพบยาและการรักษาทางการแพทย์ ความเสถียรและความง่ายในการกำจัดทำให้เป็นตัวเลือกที่ชื่นชอบในกระบวนการเคมีอินทรีย์และเคมียารักษา