3-(Fmoc-amino)phenylacetic Acid ใช้เป็นสารตั้งต้นในการสังเคราะห์เปปไทด์และโมเลกุลทางชีวภาพอื่นๆ โดยเฉพาะในกระบวนการ solid-phase peptide synthesis (SPPS) ซึ่งเป็นเทคนิคที่ใช้ในการสร้างเปปไทด์ในห้องปฏิบัติการ Fmoc (Fluorenylmethyloxycarbonyl) group ทำหน้าที่เป็นกลุ่มป้องกัน (protecting group) สำหรับหมู่อะมิโน ช่วยให้สามารถควบคุมขั้นตอนการสังเคราะห์ได้อย่างแม่นยำ หลังจากนั้น Fmoc group สามารถถูกกำจัดออกได้ง่ายโดยใช้เบส เช่น ไพเปอริดีน ทำให้ได้เปปไทด์ที่ต้องการ นอกจากนี้ ยังใช้ในงานวิจัยทางเคมีชีวภาพเพื่อศึกษาปฏิกิริยาและกลไกของเอนไซม์ รวมถึงการพัฒนายาและสารออกฤทธิ์ทางชีวภาพใหม่ๆ