Fmoc-3-(4-aminophenyl)-propionic acid ถูกนำมาใช้อย่างแพร่หลายในการสังเคราะห์เปปไทด์ โดยเฉพาะในเทคนิค solid-phase peptide synthesis (SPPS) สารนี้ทำหน้าที่เป็นส่วนประกอบหลักสำคัญในการนำกลุ่มฟังก์ชันอะมีนหอมเข้าไปในสายเปปไทด์ กลุ่ม Fmoc (fluorenylmethyloxycarbonyl) ทำหน้าที่เป็นตัวป้องกัน (protecting group) สำหรับอะมีน ซึ่งช่วยให้สามารถกำจัดออกได้อย่างเลือกสรรในระหว่างกระบวนการสังเคราะห์ สารนี้มีคุณค่าอย่างยิ่งในการพัฒนายาที่มีฐานเป็นเปปไทด์ วัสดุชีวภาพ และเครื่องมือวิจัย ซึ่งต้องการการนำอะมีนหอมเข้าไปอย่างแม่นยำ

การประยุกต์ใช้ของสารนี้ขยายไปถึงการสร้างเปปไทด์คอนจูเกต โปรบ และเปปไทด์ที่ถูกดัดแปลง สำหรับการศึกษาการโต้ตอบของโปรตีน ระบบการส่งยา และการทดสอบทางชีวเคมี ความเสถียรและความเข้ากันได้กับโปรโตคอลการสังเคราะห์เปปไทด์มาตรฐานทำให้เป็นตัวเราก็เอ็นต์ที่หลากหลายในทั้งสภาพแวดล้อมทางวิชาการและอุตสาหกรรม