สารเคมีนี้ใช้หลักในการสังเคราะห์เปปไทด์เป็นหน่วยย่อยในการสร้างโครงสร้างเปปไทด์ที่ซับซ้อน กลุ่มป้องกัน fluorenylmethoxycarbonyl (Fmoc) มีคุณค่าอย่างยิ่งในการสังเคราะห์เปปไทด์แบบเฟสของแข็ง (solid-phase peptide synthesis) ซึ่งช่วยให้สามารถถอดกลุ่มป้องกันและจับคู่อะมิโนกรดได้อย่างเลือกสรร กลุ่ม perfluorophenyl ช่วยเพิ่มปฏิกิริยา ทำให้มีประโยชน์ในการก่อตัวพันธะเปปไทด์ภายใต้สภาวะอ่อนโยน นอกจากนี้ โครงสร้างที่ไม่เหมือนใครยังสามารถนำไปใช้ในการพัฒนาเปปไทด์ที่ fluorinated ซึ่งมีความสนใจในเคมียารักษาเนื่องจากศักยภาพในการปรับปรุงความเสถียรทางเมแทบอลิซึมและ bioavailability สารนี้ยังถูกสำรวจในการออกแบบวัสดุฐานเปปไทด์และ bioconjugates โดยซึ่งโมเลกุล fluorinated สามารถมอบคุณสมบัติเฉพาะ เช่น เพิ่มความกลัวน้ำหรือต้านทานการย่อยสลาย